Lưu vực sông Nhuệ-sông Đáy được phân chia thành hai vùng chính là vùng đồi núi và đồng bằng gồm: Vùng đồi núi nằm ở phía Tây lưu vực và vùng đồng bằng nằm phía hữu ngạn sông Hồng. Từ hai vùng này được chia ra thành 14 tiểu vùng gồm: Núi đất thấp, Vườn quốc gia Ba Vì, Vườn quốc gia Cúc Phương, núi đá vôi liền khối, gò đồi, khu bảo tồn đất ngập nước Vân Long, đô thị và công nghiệp Tam Điệp, đồng bằng tích tụ, đồng bằng ven biển, đô thị và công nghiệp Sơn Tây, đô thị và công nghiệp Hà Nội, đô thị và công nghiệp Phủ Lý, đô thị và công nghiệp Nam Định, đô thị và công nghiệp Ninh Bình. Theo Kế hoạch, cần phòng ngừa, ngăn chặn việc phát sinh các nguồn gây ô nhiễm môi trường, khu vực ô nhiễm môi trường. Trong đó, xây dựng và thực hiện lộ trình chuyển đổi cơ cấu kinh tế theo hướng hạn chế, hướng tới loại bỏ các loại hình sản xuất có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng; dần hạn chế, tiến tới không cấp phép đầu tư mới hoặc đầu tư mở rộng đối với các loại hình công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, đặc biệt tại các khu vực tập trung dân cư, khu vực nhạy cảm, vùng ưu tiên cần bảo vệ; chú trọng phát triển các ngành kinh tế xanh, thân thiện môi trường. Bên cạnh đó, tăng cường công tác kiểm tra xác nhận việc hoàn thành các công trình bảo vệ môi trường trước khi đi vào hoạt động chính thức; không phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc xác nhận bản cam kết bảo vệ môi trường đối với các dự án đầu tư sử dụng công nghệ sản xuất lạc hậu, gây ô nhiễm môi trường; thực hiện nghiêm các biện pháp phòng ngừa, ngăn chặn việc đưa công nghệ, máy móc, phương tiện, thiết bị cũ, lạc hậu gây ô nhiễm môi trường vào sử dụng. Khuyến khích các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý môi trường theo tiêu chuẩn ISO 14000; khuyến khích tái chế, tái sử dụng chất thải, thực hiện thu gom, phân loại rác thải tại nguồn nhằm hạn chế tác động đến môi trường lưu vực sông. Để phục hồi các khu vực đã bị ô nhiễm cần triển khai các Dự án trên lưu vực sông Nhuệ-sông Đáy thuộc Chương trình mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định 1206/QĐ-TTg ngày 2/9/2012./. TX (TH)